Aunque ignoraba lo que tenía que hacer para ello, una serie de claras inspiraciones sobrenaturales le hizo comprender que la batalla espiritual empieza por la mortificación y la victoria sobre los instintos.
Paseándose en cierta ocasión a caballo por la llanura de Asís, encontró a un leproso. Las llagas del mendigo aterrorizaron a Francisco; pero, en vez de huir, se acercó al leproso, que le tendía la mano para recibir una limosna. Francisco comprendió que había llegado el momento de dar el paso al amor radical de Dios. A pesar de su repulsa natural a los leproso, venció su voluntad, se le acercó y le dio un beso.
Aquello cambió su vida. Fue un gesto movido por el Espíritu Santo, pidiéndole a Francisco una calidad de entrega, un "sí" que distingue a los santos de los mediocres.
A partir de entonces, comenzó a visitar y servir a los enfermos en los hospitales.
Algunas veces regalaba a los pobres sus vestidos, otras, el dinero que llevaba.
